Memòria d'activitats 2025
Introducció
La Fundació Ersilia Open Source Initiative (Ersilia) és una entitat de recerca sense ànim de lucre dedicada al desenvolupament de mètodes d’Intel·ligència Artificial (IA) per a la investigació en malalties infeccioses. Ersilia treballa en col·laboració amb institucions de recerca del Sud Global, sobretot a l’Àfrica, i amb entitats globals dedicades a la ciència de dades de codi obert i al descobriment de fàrmacs antibiòtics. La feina de la fundació es basa en deu principis bàsics que descriuen la visió dels fundadors d’Ersilia pel que fa les necessitats en desenvolupament del teixit d’investigació biomèdica en el Sud Global per tal de reduïr les desigualtats existents en l’àmbit de la salut.
Els deu principis d’Ersilia
La ciència és un conductor del desenvolupament socioeconòmic. S’ha de fer a tot arreu, incloses les regions més desafavorides.
La ciència moderna està anclada en pràctiques colonialistes. Cal reconèixer-ho i treballar per revertir-ho.
Les agendes de recerca han de ser dictades per les necessitats de la majoria de gent, no d’una minoria privilegiada o per satisfer interessos privats.
El coneixement científic hauria de ser immediatament lliure i accessible a tothom.
La IA i les tecnologies digitals s’han convertit en una part fonamental de les ciències experimentals.
El software de codi lliure, ben mantingut i finançat, promou la reproductibilitat i el re-ús de les creacions científiques.
La construcció de comunitat és a l’arrel de la innovació científica i promou la participació de la majoria global.
La capacitació i mentoria són integrals pel desenvolupament científic i l’únic camí cap a la sostenibilitat.
La IA requereix moltes dades. Els proveïdors d’aquestes haurien de rebre el crèdit merescut i evitar pràctiques extractivistes.
La IA està transformant el nostre món, amb el risc d’ampliar les desigualtats existents. La ciència és un aspecte de la societat on la IA pot generar un bé indiscutible.
Les línies d’actuació d’Ersilia
Ersilia treballa en tres pilars principals:
El desenvolupament de models d’IA per a la recerca científica de codi obert i lliures de patents
La implementació d’aquests mètodes d’IA en projectes liderats per investigadors/es africans/es
La promoció de l’ús de la IA mitjançant cursos de capacitació adreçats a científics/es africans/es
Pla estratègic 2025-2027
En el pla estratègic d’Ersilia per als anys 2025-2027, es detallen les actuacions clau i els objectius de la fundació a tres anys vista. A continuació en fem un petit resum per tal de facilitar el seguiment de la memòria anual en relació a les prioritats descrites en el pla:
Prioritat 1: desenvolupar una plataforma de referència en IA per a la investigació en malalties infeccioses
L’Ersilia Model Hub és la plataforma de codi obert central de la fundació. Conté una varietat de models d’Intel·ligència Artificial per al descobriment de fàrmacs per malalties infeccioses que implementem a diari en la investigació interna d’Ersilia així com en les col·laboracions amb investigadors d’arreu del món.
Els principals objectius respecte a l’Ersilia Model Hub són:
Incrementar el número de models d’IA disponibles en el Ersilia Model Hub
Millorar l’accessibilitat i documentació de la plataforma
Oferir una versió online per a usuaris no-experts
Crear una base de dades precomputada per tal d’estalviar recursos computacionals
Prioritat 2: noves oportunitats terapèutiques i noves dianes per a malalties negligides
Els avenços en IA per a la investigació biomèdica estan obrint noves portes per a desenvolupar modalitats de tractament que no eren possibles abans, incloent mètodes de degradació de proteines i l’anàlisi de dades -òmiques. A Ersilia volem beneficiar-nos d’aquests avenços i traslladar-los al camp de la salut global, amb l’objectiu de:
Identificar noves dianes terapèutiques per a malalties tropicals negligides
Liderar l’adopció de la degradació de proteïnes com a mètode antimicrobià
Explorar l’espai químic associat al descobriment de fàrmacs antimicrobià, amb un interès especial en productes naturals
Prioritat 3: oferir formació de llarga durada a científics del Sud Global
La necessitat de formació en el camp de la IA i la ciència de dades s’ha fet palesa a Ersilia durant el desenvolupament de la nostra missió en els primers anys. Per aquesta raó, a Ersilia ens centrem en dues activitats principals: 1) l’establiment de petites unitats locals en centres d’investigació que poden actuar com a amplificadors en les seves regions i 2) el desenvolupament de cursos de formació per a científics (MSc-, PhD-, PostDoc). Per als propers anys, el nostre objectiu és:
Fer com a mínim un curs presencial en el Sud Global cada any
Establir un nou programa de formació amb format incubadora
Oferir programes de mentoria per a minories en l’àmbit de la ciència i la tecnologia, sobretot per al desenvolupament de software.
Prioritat 4: construir una comunitat que amplifiqui el nostre impacte i en garanteixi la sostenibilitat
La comunitat és la base de l’èxit d’Ersilia, tant a nivell internacional, amb col·laboradors en el Sud i Nord Global com a nivell local a Catalunya, on la fundació té les oficines des del 2024. Per tal de seguir construint comunitat, els nostres objectius són:
Establir noves col·laboracions amb institucions del Sud Global
Créixer una xarxa de col·laboradors local a Barcelona
Construir un espai de treball divers i inclusiu
Formar un consell assessor
Diversificar les fonts de finançament
Ampliar l’equip d’Ersilia tant en l'àmbit tècnic com en l’operacional
Roadmap
En relació a les prioritats descrites anteriorment, la fundació va fixar els següents objectius globals:
Prioritat 1:
Publicar l’Ersilia Model Hub
Assolir 500 models en el hub
Prioritat 2:
Desenvolupar un projecte en l’àmbit de la degradació de proteïnes com a modalitat terapèutica
Prioritat 3:
Oferir cursos presencials en dos països
Prioritat 4:
Establir noves col·laboracions amb cinc centres de recerca
Resum
Progressió respecte els objectius fixats
Prioritat 1: retrassada
Publicació de l’Ersilia Model Hub en un repository obert (BioRxiV) al Maig 2026
Models actuals en el Hub: 200
Prioritat 2: assolida
Projecte de degradació de proteines en Mycobacterium Tuberculosis en col·laboració amb la Universitat d’Stellenbosch (2025-2026)
Projecte de degradació de proteïnes en Klebsiella Pneumoniae, part del consorci de Gr-ADI (Universitat d’Stellenbosch, Universitat de Rhodes, Ersilia) (2026-2028)
Prioritat 3: assolida
Al llarg del 2025 hem donat cursos presencials a Sud Àfrica, Kenya, Argentina i Cameroon
Prioritat 4: assolida
Al llarg del 2025 hem establert col·laboracions amb la Global Antibiotic Research and Development Partnership (GARDP, internacional), IMPM (Cameroon), Universitat de Stellenbosch (Sud Àfrica), Universitat de Córdoba (Argentina) i DaltonTx (biotech start-up, Regne Unit).
Ersilia Model Hub
El desenvolupament de la plataforma ha sigut una de les principals activitats de la Fundació el 2025. Malgrat els esforços dedicats, és l’única prioritat estratègica on no s’han assolit els objectius fixats pel 2025, degut a una sèrie de dificultats tècniques i operacionals. En primer lloc, per tal de facilitar el manteniment i implementació dels més de 200 models d’IA disponibles a través del Hub, hem re-dissenyat el mètode d’empaquetament dels models, tot descartant el mètode usat fins al 2024 (BentoML) i utilitzant una nova implementació desenvolupada per l’equip d’Ersilia (Ersilia Pack). En paral·lel, hem automatitzat el testeig dels models tant en el moment d’incorporació com de forma regular per assegurar el correcte funcionament de la plataforma (Manteniment i Automatització). Finalment, hem introduït diverses millores en la plataforma, incloent una API de Python que imita la Command Line Interface i un sistema de versions de models. Pel que fa a la incorporació de models, no s’han assolit els 500 models planejats pel 2025 per dues raons; per una banda, hem adoptat una estratègia de consolidació en la que incorporem diversos models relacionats com a únic model per tal de reduir les necessitats computacionals, i per altra banda, el desenvolupament de la pipeline automatitzada per curar dades públiques (finançada pel projecte Plan Generación Conocimiento 2023) està en millora i per tant hem descartat els models basats en aquestes dades per tal de renovar-los. A més a més, a través del programa AI2050, en col·laboració amb l’H3D Centre (Universitat de Cape Town, Sud Àfrica), hem desenvolupat una plataforma online (https://hub.ersilia.io) que permet accedir als nostres models i obtenir-ne prediccions de forma gratuïta i sense necessitat d’instal·lar el nostre software, un element clau en el pla estratègic i necessari per assolir els objectius de formació (detalls a continuació).
Tots aquests avenços s’han assolit al llarg del 2025 malgrat els canvis en la plantilla. Des del Febrer fins a l’Octubre la posició de Lead Software Developer va restar vacant amb la resta de l’equip cobrint les funcions necessàries per tal que el projecte seguís endavant.
Totes aquestes millores han alentit l’assoliment dels objectius del 2025 (publicació científica i incorporació de 500 models), però han enfortit l’infraestructura per tal d’assolir aquests objectius al llarg del 2026.
Projectes de recerca en malalties infeccioses
Ersilia ha desenvolupat en paral·lel varis projectes de recerca al llarg del 2025, entre els quals s’inclou específicament el focus en noves modalitats terapèutiques i l’estudi de bases de dades a escala de billions (ultra-large screenings), assolint així els objectius fixats en el pla estratègic pel 2025. En resum la productivitat científica es mesura mitjançant publicacions i cites. En el 2025, amb un equip de només tres investigadores, hem publicat els següents articles:
Autoria principal (primer o autor en correspondència)
Turon*, Mulubwa* et al. AI coupled to pharmacometric modelling to tailor malaria and tuberculosis treatment in Africa. Nature Communications (2025)
Turon et al. Addressing infectious diseases in Africa by accelerating drug discovery through data science. Communications Medicine (2025)
Altres:
Carli et al. Learning and actioning general principles of cancer cell drug sensitivity. Nature Communications (2025)
Poisot et al. Ten quick tips to build a Model Life Cycle. PLOS Computational Biology (2025)
Comajuncosa-Creus et al. Integration of diverse bioactivity data into the Chemical Checker compound universe. Nature Protocols (2025)
A sota detallem els avenços en els projectes més destacats d’Ersilia:
Identificació de noves estratègies anti-tuberculoars
El 2025 hem iniciat una nova col·laboració en el marc del programa Grand Challenges Africa Drug Discovery Accelerator (GC-ADDA), finançat per la Fundació Bill & Melinda Gates. El rol d’Ersilia en el projecte liderat pel Prof. Erick Strauss (Universitat d’Stellenbosch, Sud Àfrica) és la identificació de butxaques, o pockets, en una família de proteïnes del bacteri Mycobacterium tuberculosis essencials per a la seva supervivència, les tRNA synthetases. Un cop caracteritzades computacionalment aquestes butxaques o llocs d’unió, podem identificar molècules que s’hi uneixin i mitjançant el sistema de BacPROTACS reclutar la maquinària de degradació cel·lular pròpia del bacteri i destruir aquestes proteïnes, causant-ne la mort. Aquesta estratègia s’ha desenvolupat primariament en l’àmbit del càncer i té molt de potencial per a malalties infeccioses. El projecte segueix durant el 2026.
Generació de models antimicrobians de forma automatitzada
Una de les grans mancances per a l’adopció de mètodes d’IA en el camp de les malalties infeccioses és la poca quantitat de dades existent. Durant el 2025, hem completat el desenvolupament d’una eina per curar automàticament ChEMBL, la base de dades pública amb més dades de bioactivitat en obert. Amb aquesta èina es poden obtenir ràpidament dades preparades per entrenar models d’IA (típicament, llistes de molècules i la seva activitat associada com a 0 (inactiu) o 1 (actiu)). Actualment estem entrenant models basats en aquesta eina que seran implementats a través de l’Ersilia Model Hub i utilitzats en diversos projectes d’investigació. El nostre objectiu és cobrir més de 15 patògens identificats com a patògens de risc per a la salut global per la Organització Mundial de la Salut.
Ultra-large screening per fàrmacs contra patògens altament resistents
En paral·lel amb el desenvolupament de mètodes d’IA generativa, que són tècnicament complexos i requereixen molt de poder computacional, ens hem centrat en el camp de l’ultra large screening, és a dir, de buscar en llibreries in silico de billions de compostos molècules actives contra patògens d’interès. Aquesta tasca és també d’alta complexitat tècnica i la podem realitzar de forma eficient gràcies a l’Ersilia Model Hub. Per tal de demostrar la viabilitat d’aquest mètode, hem establert una col·laboració amb la Global Antibiotic Research and Development Partnership (GARDP), una entitat global dedicada a avançar el descobriment de fàrmacs antimicrobians, i H3D, el centre de drug discovery principal a Àfrica. Ersilia, mitjançant les dades donades per GARDP, ha desenvolupat nous models d’IA per tal de fer la cerca de l’espai químic i ha proposat una llista de 100 molècules que H3D està testejant en els seus laboratoris. Al llarg del 2026 s’obtindran validacions experimentals d’aquesta investigació, que de moment ja ha resultat en la incorporació de més de 10 models d’IA nous al Ersilia Model Hub.
Formació
El 2025 ha sigut un any important per al desenvolupament en paral·lel de diversos programes de formació en el Sud Global:
AI2050 Program: en col·laboració amb la H3D Foundation (Sud Àfrica) hem ofert un curs totalment finançat per a investigadors de l’Est d’Àfrica a Nairobi, Kenya, seguint el projecte iniciat a Ghana el 2024 (30 participants seleccionats). Addicionalment, per tal d’oferir la formació a més investigadors, hem desenvolupat un curs online (una versió reduïda del curs presencial) en el qual hi van haver més de 200 científics registrats. El curs online es manté a través del nostre canal de YouTube per a qui estigui interessat. Finalment, en el marc del programa AI2050 també hem realitzat una formació específica per a investigadors d’H3D en col·laboració amb el Dr. Collins (MIT). L’element clau per a l’èxit d’aquestes formacions ha sigut el desenvolupament de la plataforma online de l’Ersilia Model Hub.
Merck Schistosomiasis Research Grant: en col·laboració amb l’IMPM (Yaoundé, Cameroon) i la Universitat de North Umbria (UK), durant el 2025 hem col·laborat en una formació de tres etapes (bioestadística, bioinformàtica i IA) dedicada als investigadors de l’IMPM (25 participants). El projecte de formació ha estat liderat per el Dr. Justin Komguep i finançat per Merck, sempre en el context de l’Schistosomiasis, una malaltia tropical negligida.
First LATAM workshop: per primera vegada, Ersilia ha ofert un curs de formació en IA per al descobriment de fàrmacs a Buenos Aires, Argentina, en col·laboració amb la Universitat de Córdoba i la Universitat de Buenos Aires. Aquest curs té com a objectiu començar a establir noves col·laboracions en el continent llatinoamericà. Més de cinquanta científics van participar de la formació.
En resum, Ersilia ha complert els objectius de capacitació en IA per a científics del Sud Global establerts pel 2025. L’àrea d’actuació que hem aturat, a diferència d’altres anys, són els programes online de mentoria per a enginyers de software. La manca de finançament del programa d’Outreachy i els canvis en la plantilla tècnica de l’equip han dificultat la implementació d’aquest programa, que esperem reprendre al llarg del 2026.
Creació de comunitat
El networking, o altrament dit, establir noves col·laboracions científiques i també amb altres fundacions dedicades a la capacitació de científics i al desenvolupament de tecnologia són claus per tal d’assolir els nostres objectius. A Ersilia creiem fermament que només podem avançar en la investigació contra aquestes malalties si treballem conjuntament i en obert. Amb aquest esperit, durant el 2025 hem establert col·laboracions, tal i com hem mencionat en els paràgrafs anteriors, amb GARDP (internacional), IMPM (Cameroon), Universitat de Stellenbosch (Sud Àfrica), Universitat de Córdoba (Argentina), Universitat de Buenos Aires (Argentina). A més a més, també hem establert una nova col·laboració amb el grup del Dr. Patrick Aloy (IRB Barcelona, Espanya) i amb DaltonTx (biotech start-up, Regne Unit), i continuat les col·laboracions existents amb l’H3D Centre (Sud Àfrica), Universitat de Buea (Cameroon), Wistar Institute (Estats Units) i CeMM (Àustria).
Cal destacar la participació activa dels membres d’Ersilia en vàries xarxes internacionals, incloent-hi la Climate-Sensitive Infectious Disease Network, Open Life Sciences, Software Sustainability Institute o Fast Forward. Els membres d’Ersilia també han realitzat ponències en congressos internacionals (incloent LED3 and LUCID Symposium (Bèlgica), RICIFA (Argentina), IRBB Biomed Conference (España), MMV DD4GH workshop (Suïssa)) i cal destacar l’obtenció d’una posició Ramón y Cajal per al Director Científic d’Ersilia, el Dr. Miquel Duran-Frigola.
Fonts de finançament
La feina d’Ersilia ha sigut possible gràcies a les següents beques, donacions i subvencions:
Beques d'investigació:
Ministerio de Ciencia, Innovación y Tecnologia, PID2023-148309OA-I00 finançat per MICIU/AEI/10.13039/501100011033 (subvenció Agencia Estatal de Innovación)
AI2050 Fellowship (prof. Kelly Chibale, sub-award to Ersilia; Schmidt Sciences)
Mozilla Builders Accelerator (Mozilla)
GC-ADDA Program (subcontract to support the project of Prof. Erick Strauss)
Subvencions:
Barcelona Activa 2024
Donacions:
Splunk Pledge (Splunk)
HPE Accelerating Impact (Hewlett-Packard Enterprise)
BlackRock Employee-Engagement campaign
La memòria fiscal del 2025 es pot consultar en aquest link.
Agraïments
Tot això no seria possible sense la comunitat que dóna suport a la nostra missió, ja sigui a través de voluntariat, donacions o acompanyament. Els/Les patrons/es i fundadors/es d’Ersilia agraïm de tot cor estar envoltats de tanta gent compromesa amb millorar les condicions de salut en els països més desfavorits.
Last updated